Publié le 6 décembre 2022
Mis à jour le 20 janvier 2026 par Tristan Chevrier

L’infection urinaire est une maladie fréquente chez la femme. Elle est causée par la présence d’un germe pathogène dans les urines, principalement Escherichia coli. Les infections urinaires peuvent par ailleurs être basses (cystite, prostatite, urétrite, épididymite) ou hautes (pyélite ou pyélonéphrite).

Chez la femme, l’infection urinaire (cystite) est l’infection bactérienne la plus fréquente : elle touche au moins 50% des femmes à un moment donné de leur vie. Les traitements reposent principalement sur la prise d’antibiotiques.

1. Quelles sont les causes de l’infection urinaire ?
2. Causes et facteurs de risque de l’infection urinaire compliquée
3. Comment se manifeste une infection urinaire ?
4. Diagnostic de l’infection urinaire

Quelles sont les causes de l’infection urinaire ?

Dans 75 à 85% des cas, les infections urinaires sont causées par un germe en particulier : Escherichia coli.

D’autres entérobactéries (Proteus spp, Klebsiella spp) sont parfois retrouvées dans les voies urinaires et peuvent aussi causer une infection ; elles sont néanmoins fréquentes (moins de 25% des cas). 

L’infection urinaire peut également être causée par des staphylocoques et des streptocoques. Les causes sont généralement identiques, qu’il s’agisse d’une infection urinaire simple ou compliquée.

Malgré tout, les germes entérocoques et les pseudomonas sont plus souvent retrouvés lorsqu’un patient présente une malformation des voies urinaires. 

Plus rarement, certains virus (varicelle zoster et adénovirus) causent des cystites hémorragiques, surtout chez les enfants et les jeunes adultes.

Enfin, l’infection urinaire n’est pas considérée comme une infection sexuellement transmissible (IST), même si dans de nombreux cas, l’infection urinaire peut survenir post-coït, du fait du mélange des germes entre les partenaires. 

En revanche, chez l’homme, l’urétrite est une maladie sexuellement transmissible ; on retrouve souvent une IST à Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae (gonorrhée). 

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Causes et facteurs de risque de l’infection urinaire compliquée

Les médecins font la distinction entre une infection urinaire simple et une infection urinaire compliquée. Cette distinction a en effet un impact sur le traitement et la prise en charge de l’infection urinaire.

Chez la femme préménopausée sans facteurs de risque, non enceinte, une infection urinaire est considérée simple, qu’elle touche les voies urinaires hautes ou basses.

L’infection urinaire est en revanche compliquée lorsque des facteurs de risques pathologiques, mécaniques ou physiologiques, sont présents chez un patient.

Les facteurs de risque de de l’infection urinaire compliquée concerne donc :

• La pollakiurie (envie fréquente d’uriner) ; 
• L’urgenturie (besoin soudain, d’uriner) ;
• La dysurie (douleurs pelviennes).

Par ailleurs, il est fréquent que l’infection urinaire récidive juste après le traitement. La rechute indique souvent une résistance aux antibiotiques, notamment les fluoroquinolones, et donc un échec de l’élimination des bactéries. 

Les rechutes peuvent aussi être causées par une anomalie anatomique au niveau de la vessie ou des reins, la présence d’une prostatite chronique ou encore d’un calcul surinfecté. De plus, une réinfection est une nouvelle infection, causée par un germe différent.  

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Comment se manifeste une infection urinaire ?

Les symptômes de l’infection urinaire varient en fonction de sa nature (haute ou basse, simple ou compliquée). L’infection urinaire simple basse concerne essentiellement la cystite non compliquée. 

En effet, dans 95% des cas, l’infection urinaire est une cystite. Les symptômes de la cystite associent : 

• Une dysurie : une miction douloureuse ou gênante. L’écoulement des urines provoque souvent des brûlures ;
• Une pollakiurie : une envie fréquente d’uriner ;
• L’urgenturie : le caractère urgent et impérieux de la miction ;
• Des douleurs pelviennes ;
• Parfois une hématurie : présence de globules rouges dans les urines.

Les urines peuvent aussi être troubles et/ou malodorantes. Plusieurs facteurs de risque de la cystite ont été identifiés : 

• Les rapports sexuels fréquents ou le fait de changer de partenaires régulièrement (“cystite de la lune de miel”) ;
• L’altération de la flore vaginale et la colonisation par des germes à cause de l’utilisation de spermicides ;
• Des antécédents de cystite. 

Il est important que le médecin recherche également des symptômes d’une infection urinaire haute (fièvre, douleurs rénales, symptômes persistants pendant plus de 7 jours, vomissements, nausées) lors de son diagnostic.

Les facteurs de risque décrits plus haut doivent également influencer la prise en charge et le traitement de l’infection urinaire. 

Afin de confirmer le diagnostic, l’examen clinique peut comprendre : 

• La prise de la température ;
• Un examen de l’abdomen et une palpation ;
• Une percussion des loges rénales ;
• En cas de suspicion d’infection gynécologique : un examen pelvien.

Enfin, les symptômes urinaires (dysurie, pollakiurie) étant fréquents dans de nombreuses maladies, le médecin généraliste devra différencier l’infection urinaire d’autres pathologies : 

• Une vaginite : pertes vaginales, parfois malodorantes, démangeaisons (prurit), des douleurs superficielles et une dyspareunie (douleur lors d’un rapport sexuel) ;
• Une urétrite : souvent favorisée par le fait d’avoir plusieurs partenaires ;
• Ou encore une infection urinaire dont la cause serait psychogène.

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Diagnostic de l’infection urinaire

Le diagnostic est confirmé si nécessaire par le test de la bandelette urinaire (BU). On y recherche la présence de nitrites, de leucocytes et parfois de globules rouges :

• La présence de leucocytes reflète l’activité des polynucléaires dans les urines, ce qui est typique en cas d’infection urinaire. Malgré tout, il est possible que le test soit faussement négatif ;
• La mise en évidence des nitrites est liée à la présence de bactéries à Gram positif, qui transforment le nitrate en nitrite. Le test n’est non plus fiable à 100% ; en cas de bactériurie (colonisation bactérienne) faible, de la pollakiurie et de germes ne fabriquant pas d’uréase (enzyme), la fiabilité du test est de 35 à 85%.

Lorsque la bandelette urinaire s’avère positive (nitrites et/ou leucocytes) et qu’elle s’accompagne de symptômes d’une infection urinaire non compliquée, un examen cytobactériologique des urines (ECBU) n’est pas nécessaire.  

L’examen cytobactériologique des urines

Cet examen des urines est réalisé au microscope. Il est pratiqué sur des urines fraîches et prélevées à mi-jet. L’ECBU permet notamment d’identifier des éléments morphologiques spécifiques à un cancer du rein.

La mise en culture des urines

La mise en culture des urines n’est pas justifiée en cas d’infection urinaire basse simple, lorsque les sensibilités des germes habituels sont connues. Malgré tout, les médecins doivent tenir compte de la résistance aux antibiotiques selon les patients. 

Un antibiogramme est donc recommandé dans ces situations : 

• En cas d’utilisation d’un antibiotique de seconde intention ;
• En cas d’infection urinaire compliquée ;
• Ou encore, lorsque les symptômes de l’infection urinaire persistent au-delà de 7 jours ou lorsque la cystite récidive après un mois de traitement. 

Avant la mise en culture, l’urine doit être prélevée à mi-jet, après avoir méticuleusement nettoyé la zone avec du savon et de l’eau. 

Parfois, une bactériurie est mise en évidence, avec la présence de plusieurs germes dans les urines, sans que la personne ne ressente des symptômes ; on parle alors de bactériurie asymptomatique.

En cas de bactériurie asymptomatique, les femmes enceintes ne doivent pas être traitées par des antibiotiques. Lors de la consultation en ligne, une stratégie pourra être mise en place, notamment pour les patientes souffrant de cystites fréquentes.

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